相对于我国医药工业于上个世纪80年代初就引进多家合资企业，我国医药商业对外开放相对较晚。在很长一段时间内，医药商业国有体制一统天下。在改革开放大潮中，我国医药商业经历了由乱及治、从关到开的过程。用中国医药企业管理协会第二任会长、原国家医药管理局副局长金同珍的话说，医药商业的开放是市场一步一步倒逼的。
中国医药企业管理协会现任会长于明德也表示，我国医药行业的逐步发展，得益于整个国家改革开放的大形势，是“大形势推动着医药这个小行业往前走”，“没有全国范围内的经济体制改革，医药行业不可能一枝独秀”。
治乱
由于我国曾长期实行计划经济，加之医药特殊的战略地位，药品流通一直国有专营，医药商业经营体制为四级批发：中国医药公司下设直属企业和省（市、自治区）医药（器械）公司，各省（市、自治区）下面设有地市一级医药公司，在地市下面再分别对应县一级的医药公司，最后是基层的批发点、零售点等。“国家实行的是‘商品调拨，分级管理’。一个省每年会有多少药品，都是国家统一制定计划，从上面一级一级分下去。整个医药公司从上到下，全部都是统一核算、统一调拨，人事、财务、经营、物资、物流全部由中央统一管理、统一配发。”原中国医药公司总经理杨万顺如是说。
但是随着经济体制改革的推进，原有四级批发体制被打破。在旧体制被打破、新体制尚未建立期间，我国涌现出大量药品集贸市场，医药市场出现混乱，还连续发生了多起假药致人死亡的恶性事件。
“这些药品集贸市场是自发形成的，最初是农贸市场，后来老百姓把药材也拿到那里去卖，最后就演变为药品交易场所。”于明德告诉记者，“以安徽太和为例，当时号称万户千家去卖药，当地农民拿着麻布袋子，扛上土霉素就卖去了。”
“药品在这些市场随便买卖，而且他们很少从正规大厂进药，绝大部分是来自小药厂。小药厂的药品质量很难保证，造成假药横行。”金同珍回忆道。
必须要“治乱”。1994年国务院发布了《关于进一步加强药品管理工作的紧急通知》（以下简称53号文）。53号文称，当时制售假劣药品的违法犯罪行为屡禁不止，一些地方制售假劣药品的种类多、规模大，违法犯罪分子见利忘义到了丧心病狂的程度，后果十分严重；一些地方和部门片面追求自身利益，违反药品管理法规，竞相开办药品生产、经营企业和药品集贸市场，药品生产经营秩序混乱。53号文强调，“对擅自设立的中药材专业市场以外的其他药品集贸市场，由当地人民政府依法取缔”。
此后的1995年、1996年、1999年，国务院多次就整顿和规范药品生产经营秩序、加强药品管理工作发文，反复要求取缔除中药材专业市场以外的其他药品集贸市场（包括以药品展览中心、药品信息中心、保健品批发市场、中药材市场等名义变相开办的药品集贸市场）。
有资料显示，1998~2002年5年间，全国共取缔非法药品集贸市场116个、无证经营4万多户，成效显著。
尽管在整顿和规范医药市场过程中也有不少曲折和博弈，但在打击假冒伪劣药品的原则问题上，各方达成了一致目标。当时，太和市场因为“买全国卖全国”，影响极大。一位知情人士说，“药监部门不少人认为，‘太和不倒，全国不好’。但对当地政府来说，一个太和市场解决了当地大约十万人就业。实际上，太和市场既有大量不规范的药品交易行为，也有大量的合法交易。最后当地政府表态，绝不能允许假劣药品流通，愿意整改。”1996年，经过几次调研，太和医药公司接到了原国家医药管理局的意见：“根据调查的情况，我局认为安徽太和县医药总公司及其5个分公司不同于非法的个体承包经营和变相的药品集贸市场，不属于关闭取缔范围……但其经营模式，不建议各地学习和效仿。”直到2002年，太和依旧名列21个全国药品重点监控地区。
2002年3月，太和医药股份和5家公司进行资产重组，成立安徽仁济医药股份有限公司，解决了挂靠经营问题；2003年，安徽仁济与中国华源集团合作组建了安徽华源医药股份有限公司，并在当年顺利通过GSP认证，后加入华润医药集团。商务部数据显示，2014年安徽华源以主营业务收入147.33亿元在全国药品流通行业中排名第十一。而太和也在不断规范过程中，创造了适合农村的普药流通新模式：大进大出、低毛利、低费用率。“所谓改革，就是要通过积极的手段，把不规范变为规范。”于明德说。
有业内人士这样评论，“安徽华源的成长历程，可以看作是整个中国药品流通业从小到大、由乱到治的生动记录，也是改革开放以来，中国医药企业对市场经济由粗浅认识到深刻理解的一个缩影。”
放开
在治乱的同时，我国医药商业也在市场规范化程度提高的前提下一步步开放。
1990年，《国务院转批国家医药管理局关于进一步治理整顿医药市场意见的通知》仍规定，“私营企业和个体工商户不得生产药品”，“集体、私营企业和个体工商户不得经营药品批发业务”，药品批发业务必须由国营医药商业专业批发企业统一经营。但随着市场经济的发展，医药行业对集体、私营企业和个体工商户说“不”的状况开始松动。
1994年的53号文表示，“个体工商户可以依法申请从事药品零售业务，但不得从事药品的生产和批发业务（依法批准在中药材专业市场从事中药材批发业务的除外）；药品生产和批发企业不得承包给个人经营。”上述规定一直持续到1999年。
1999年11月1日，原国家经贸委下发《深化医药流通体制改革的指导意见》。意见指出，医药流通体制改革的总体目标是：建立适应社会主义市场经济的“调控有力、管理科学、统一开放、竞争有序”的医药流通新体制。其具体措施之一就是加快产权制度改革，提倡产权多元化，“允许并鼓励各行各业、各种经济成份以兼并、重组、联合等多种方式参资入股医药流通企业”，并积极推进医药流通经营方式的改革，倡导医药批发企业实行代理配送制，医药零售企业实行连锁经营制。这份文件因此被认为是我国医药流通行业对内放开的“破冰之举”。
“在这份文件出台之前，我国医药流通领域实际上已经出现了民营资本。”于明德告诉记者。2004年12月，我国兑现入世承诺，对外资全面开放医药分销业务。而在此之前，深圳海王星辰就与美国专业药房排名第一的美信结盟，获得后者在中国的特许加盟权；2003年商务部批准首家中外合资的医药商业公司永裕新兴药品公司成立，标志着外资正式开始进入医药流通领域。永裕新兴也被称为中国入世以来在药品分销领域“第一家吃螃蟹的国外资本”。
随后，开放步伐不断加快。2008年，广州医药与欧洲最大的医药保健和美容集团联合博姿属下的联合美华有限公司宣布合资；2011年，南京医药宣布与联合博姿管理服务有限公司签署合作意向书，成立双方持股比例为75∶25的合资公司；2011年，美国大型药品批发企业康德乐并购我国最大外资医药商业企业永裕医药。
改革和开放极大刺激了我国医药商业的发展。数据显示，1985年全国医药商品购进总值57.54亿元，销售总值76.96亿元。据商务部统计，2013年药品流通行业销售总额达13036亿元，2014年药品批发和零售企业前100强中，民营、合资企业和国有企业同台竞技，各领风骚：如民企九州通以409.99亿元排名第四，国企广州医药以287.49亿元排名第五，国企南京医药以220.18亿元排名第七。外企康德乐（上海）以主营收入100亿元排名第十五。零售板块，民企深圳海王星辰医药有限公司以33.93亿元的销售总额排名第六。我国医药商业呈现出蓬勃生机。
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